Автообновление включено? Не исключено, что это оно перезаписывает файл, и также не рекомендуется править этот файл при запущенном движке. Чтобы избежать подобного поведения, лучше использовать “пользовательский” конфиг - Configuration Files - Ace Stream Wiki
В целом же стоит учитывать, что “ace-engine.exe” максимально заточен под управление через ГУИ. Если хотите, чтобы “было как в Линуксе” - используйте “ace-console.exe”
Почитал по опциям - пока интересно только live-cache-type и live-mem-cache-size. Остальное или есть в GUI или ощутимых улучшений не даёт. Но надо будет изучать.